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Pourquoi le ?

A l’initiative d’Elodie Darbo, Ingénieure de Recherche en bioinformatique au sein du BRIC, responsable de la cellule ODILE, cette collaboration se développe depuis 2023 dans le but de mutualiser les compétences en biologie, bioinformatique et informatique nécessaires aujourd’hui à l’élaboration de projets interdisciplinaires ambitieux dans le domaine de la santé.

BRIC

Le BoRdeaux Institute of onCology (BRIC) développe une recherche de pointe dont les objectifs sont de comprendre les mécanismes sous-jacents aux maladies cancéreuses et identifier des caractéristiques moléculaires spécifiques aux tumeurs développées dans des groupes de patient·e·s. Pour cela, les différents projets mènent à la production de données massives provenant de diverses technologies de séquençage et d’imagerie. La cellule ODILE, de par ses missions, permet un accompagnement sur certains projets mais ne répondent pas à tous les besoins, notamment le développement de nouvelles méthodes pour l’intégration de données, la prise en charge de projets d’analyses approfondies, un apport exhaustif de compétences (e.g. analyse d’images).

LaBRI

Le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) a récemment mis en place l’Axe transverse Santé Numérique qui a pour objectifs de soutenir la dynamique émergente sur le traitement de données massives et hautement hétérogènes (images médicales, données omiques, données cliniques, etc.) par le développement de collaborations intra et inter-départements (Départements LaBRI: Image et Son (I&S), Systèmes et Données (SeD), Méthodes et Modèles Formels (M2F), Supports et AlgoriThmes pour les Applications Numériques hAutes performanceS (SATANAS)). L’accès à des données réelles et de qualité produites dans l’objectif de répondre à une question précise est une part importante du succès d’un tel axe.

Nos intérêts convergeants

Les intérêts convergents entre le BRIC et le LaBRI résident dans la synergie de leurs ressources. D’un côté, le BRIC détient des ensembles de données volumineux issus de diverses technologies médicales, mais requiert une expertise analytique pour leur exploitation optimale. De l’autre, le LaBRI possède un savoir-faire avéré en bioinformatique et en analyse de données, mais a besoin d’accéder à des ensembles de données réelles et pertinentes pour ses recherches en santé numérique. De plus, le BRIC apporte une expertise en biologie qui peut permettre d’orienter la finalité des travaux vers des solutions à des questions biologiques concrètes. Cette complémentarité offre une opportunité de partenariat stratégique, où le BRIC peut bénéficier de l’expertise analytique et algorithmique du LaBRI, tandis que le LaBRI peut accéder à des données de qualité et à l’expertise en oncologie pour alimenter ses travaux de recherche en santé numérique, ceci permettant aussi l’interprétation des modèles, des prédictions, des résultats statisitiques en découlant. En conjuguant leurs efforts, ces deux institutions peuvent ainsi optimiser leurs capacités de recherche et contribuer de manière significative à l’avancement des connaissances en oncologie et en santé numérique, dans un souci partagé d’excellence scientifique.

Nos objectifs en quelques mots:

• Développer des projets de recherche interdisciplinaires innovants
• Structurer l’écosystème bordelais : experts en oncologie, bioinformatique et informatique
• Répondre à des appels à projet d’envergure (e.g PEPR santé numérique)
• Augmenter la visibilité locale et nationale de nos deux unités
• Développer la recherche en bioinformatique dédiée à l’oncologie
• Co-recrutement d’étudiant·e·s en master, de (post-)doctorant·e·s, d’ingénieur·e·s en bioinformatique/informatique

Les opportunités

Demandes de finacement M2 LaBRIC: Modèle

2023-2024

• 4 bourses pour le recrutement de master 2 ont été offertes par les unités (2 BRIC, 2 LaBRI), 3 ont été pourvues:

Évolution phylo(épi)génétique du locus PTEN
Porteur BRIC : Thibaut Matis; Porteuse LaBRI: Raluca Uricaru (SeD); Porteuse LaBRIC: Elodie Darbo
Stagiaire Master 2: Sabri-Nazim Mechkouri (Université de Montpellier)

Analyse d’images de microscopie, quantification de gouttelettes lipidiques dans des structures cellulaires en 3D
Porteuse BRIC : Lucie Brisson; Porteuse LaBRI: Marie Beurton-Aimar (I&S)
Stagiaire Master 2: Laurent Busson (Université de Bordeaux)

Combination of CMS classification and Proteomics for Precision Medicine in Metastatic Colorectal Cancer
Porteur LaBRI : Patricia Thebault (SeD); Porteur BRIC: Majid Katib
Stagiaire Master 2: Theo Moser (Université de Bordeaux)

• Financement inter-département en réponse à l’Appel à projets de recherche interdisciplinaire et exploratoire (APP RIE).

HEMAMOX: Influence du vieillissement sur la différenciation des cellules Hématopoïétiques: des données single-cell aux Modèles formels eXplicatifs
Recrutement de Déborah Boyenval, post-doctorante pour 12 mois. Porteuse BRIC: Catherine Sawai (Dpt SBM); porteur LaBRI: Loic Paulevé (Dpt SIN, M2F)

Rencontres

2024: A venir …
2023-06-05: Première rencontre organisée dans l’amphi du LaBRI Programme